GLOBAL KNOWLEDGE ARK

Chemija · Pamoka

Bioneorganinės chemijos tyrimai ir medicininis taikymas

Pasitelkite pasirinktus platinos koordinacijos ir magnetinio rezonanso pavyzdžius, kad susietumėte sandarą, virsmus ir matavimus. Atskirkite mokomuosius skaičiavimus nuo preparato veiksmingumo ar gydymo sprendimų.

Grįžti į chemijos planą

Baigę pamoką, galėsite

  • Atskirti cis/trans išsidėstymus, kurių formulė ir formalus elektronų skaičius vienodi.
  • Subalansuoti simbolinį akvavimą nepriskiriant metalui oksidacijos.
  • Apskaičiuoti numatytą relaksacijos spartos pokytį nurodytomis sąlygomis.
  • Pateikti cheminių formų atgavimo duomenis, aiškiai nurodant vardiklį ir trūkstamą dalį.
01

Taikymui būtina nurodyti cheminę tapatybę

Metalų junginių naudojimas gydymui ir diagnostikai priklauso nuo konkretaus komplekso, jo virsmų ir veiksmingumo įrodymų apibrėžtomis aplinkybėmis. Elemento pavadinimo, oksidacijos laipsnio ar koordinacinio skaičiaus nepakanka preparatui identifikuoti. Biologinėje sąveikoje taip pat dalyvauja aplinkinė terpė ir molekuliniai taikiniai.

Cisplatina turi cis kvadratinį plokščiąjį [Pt(NH₃)₂Cl₂] išsidėstymą. Pasirinktoje neutralioje formulėje du chlorido ligandai suteikia −2, o du neutralūs amoniako ligandai – nulį, todėl Pt priskiriamas +2 ir formalus d⁸. Yra keturi donoriniai kontaktai. Trans išsidėstymo formulė, krūvis, formalus priskyrimas ir donorų skaičius tokie patys, tačiau du Cl donorai yra vienas priešais kitą.

Idealūs Cl–Pt–Cl kampai yra 90° cis atveju ir 180° trans atveju. Šios bedimensės idealios schemos nėra tikrieji ryšių ilgių matavimai. Vienoda formulė ir elektronų apskaita neįrodo vienodo biologinio atsako ar klinikinio pakeičiamumo. Konkrečių cisplatinos įrodymų negalima perkelti bet kuriam platinos izomerui.

Vienoda formulė ir elektronų apskaita, skirtingi platinos išsidėstymai
Originalus idealus kvadratinių plokščiųjų [Pt(NH₃)₂Cl₂] išsidėstymų palyginimas. Formalūs priskyrimai ir keturių kontaktų skaičius galioja abiem pilnoms užrašytoms dalelėms. Cis/trans Cl–Pt–Cl kampai skiria išsidėstymus; nepateikta tikrųjų koordinačių ar išvados apie vienodą biologinį atsaką. Apskritimai žymi N donorų vietas su pilnais NH₃ ligandų žymenimis; kvadratai žymi chlorido donorų vietas. Linijos rodo pasirinktus kontaktus be tikrojo ryšių ilgių mastelio.Idealūs kvadratiniai plokštieji išsidėstymai · pilni ligandų žymenyscis išsidėstymasCl⁻Cl⁻NH₃NH₃PtPt +2 · d⁸ · keturi donoraiIdealus Cl–Pt–Cl kampas 90°trans išsidėstymasCl⁻Cl⁻NH₃NH₃PtPt +2 · d⁸ · keturi donoraiIdealus Cl–Pt–Cl kampas 180°

Originalus idealus kvadratinių plokščiųjų [Pt(NH₃)₂Cl₂] išsidėstymų palyginimas. Formalūs priskyrimai ir keturių kontaktų skaičius galioja abiem pilnoms užrašytoms dalelėms. Cis/trans Cl–Pt–Cl kampai skiria išsidėstymus; nepateikta tikrųjų koordinačių ar išvados apie vienodą biologinį atsaką. Apskritimai žymi N donorų vietas su pilnais NH₃ ligandų žymenimis; kvadratai žymi chlorido donorų vietas. Linijos rodo pasirinktus kontaktus be tikrojo ryšių ilgių mastelio.

Cis brėžinyje du chlorido donorai yra gretimose padėtyse; trans brėžinyje jie yra priešingose padėtyse. Kiekviena pilna dalelė yra neutralus [Pt(NH₃)₂Cl₂], kurio formulė Cl₂H₆N₂Pt ir keturi donoriniai kontaktai. Brėžiniai neįrodo vienodo biologinio atsako.

Naudotos idealios koordinatės ir skaičių palyginimas
Bedimensės donorų padėtys Pt atžvilgiu, kai Pt yra (0, 0, 0)
IšsidėstymasPilnas ligando žymuoVienetinio spindulio x, y, zMetalas, prie kurio prisijungta
cis išsidėstymasCl⁻1, 0, 0Pt
cis išsidėstymasCl⁻0, 1, 0Pt
cis išsidėstymasNH₃-1, 0, 0Pt
cis išsidėstymasNH₃0, -1, 0Pt
trans išsidėstymasCl⁻1, 0, 0Pt
trans išsidėstymasCl⁻-1, 0, 0Pt
trans išsidėstymasNH₃0, 1, 0Pt
trans išsidėstymasNH₃0, -1, 0Pt
Ta pati apskaita, skirtingas išsidėstymas
Pasirinktas išsidėstymasPilna formulėKomplekso krūvisPt priskyrimas / d elektronų skaičiusDonoriniai kontaktaiIdealus Cl–Pt–Cl kampas
cisCl₂H₆N₂Pt0+2 / d⁸490°
transCl₂H₆N₂Pt0+2 / d⁸4180°
02

Ligandų mainai gali pakeisti komplekso krūvį be metalo redokso virsmo

Simbolinis pirmasis akvavimo žingsnis yra cis-[Pt(NH₃)₂Cl₂]+H₂O⇌[Pt(NH₃)₂Cl(H₂O)]⁺+Cl⁻. Vieną anijoninį ligandą pakeitus neutraliu vandens ligandu, užrašyto komplekso krūvis padidėja nuo 0 iki +1; išsiskyręs Cl⁻ tą krūvį subalansuoja. Pagal pasirinktą formalų priskyrimą Pt lieka +2.

Simbolinis antrasis žingsnis yra [Pt(NH₃)₂Cl(H₂O)]⁺+H₂O⇌[Pt(NH₃)₂(H₂O)₂]²⁺+Cl⁻. Iš viso išsiskiria du Cl⁻, o užrašyto diakva komplekso krūvis yra +2. Kiekvienas Pt, N, H, O ir Cl atomas bei krūvių suma išlieka. Tai suminės pakeitimo reakcijų apskaitos lygtys, o ne visas molekulinis mechanizmas.

Tikrasis pasiskirstymas priklauso nuo chlorido aktyvumo, protonavimo, kitų ligandų, laiko ir aplinkinės terpės. Vaisto informacijoje aprašomas DNR skersinių jungčių susidarymas, o originaliame struktūros tyrime nagrinėtas Pt prisijungimas prie gretimų guaninų N7 vietų apibrėžtame DNR duplekse. Šis pasirinktas struktūrinis stebėjimas, įskaitant jo paskelbtą pataisą, yra konkretaus adukto įrodymas, o ne visų platinos sąveikų ar visų biologinių rezultatų įrodymas.

03

Magnetinis rezonansas aptinka aplinkos veikiamą signalą

Klinikinis MRI pirmiausia naudoja signalus, susijusius su vandenilio branduoliais vandenyje ir riebaluose. Kontrastinė medžiaga gali pakeisti relaksacijos elgseną savo aplinkoje; vaizdas nėra tiesioginė metalo atomų nuotrauka. Atitinkamiems matavimams įtakos turi tai, kokia medžiaga yra, jos koordinacinė aplinka ir sąveika su vandeniu.

Konkretus gadolinio preparatas nėra ta pati cheminė dalelė kaip laisvas vandeninis Gd³⁺. Pavyzdžiui, patikrintame gadopiklenolio apraše nurodytas makrociklinis nejoninis kompleksas su keturiais N donorais, trimis karboksilato O donorais ir dviem koordinuoto vandens O donorais: devyni kontaktai toje aprašytoje aplinkoje. Neperkelkite šio skaičiaus ar savybės vertės visiems gadolinio kompleksams.

Buvo tiriamas organizme išlikęs gadolinis ir jo cheminės formos. Išlikusios medžiagos aptikimas yra matavimo rezultatas; konkretaus nepageidaujamo padarinio ar priežasties nustatymas yra atskiras įrodymų klausimas. Žyma „chelatuotas“ neįrodo visuotinio saugumo, o vien išlikimo stebėjimas nenusako kiekvieno preparato elgsenos. Šioje pamokoje neparenkama vaizdinimo medžiaga ir nepateikiama klinikinė procedūra.

04

Relaksacijos spartos pavyzdžiui reikia vienetų ir sąlygų

Pasirinktiniame išsamesniame išgalvotame modelyje, kai temperatūra 310.15 K ir magnetinis laukas 1.50 T, naudokite R₁=R₁, ₀+r₁c ir T₁=1/R₁. R₁ yra išilginės relaksacijos sparta, išreikšta s⁻¹, T₁ – atitinkama trukmė s, c – pasirinktos medžiagos kiekio koncentracija mmol L⁻¹, o r₁ – numatytas relaksyvumas L mmol⁻¹ s⁻¹ šiomis pastoviomis sąlygomis.

Pasirinkite pradinį R₁, ₀=0.500 s⁻¹, r₁=4.00 L mmol⁻¹ s⁻¹ ir c=0.100 mmol L⁻¹. Sandauga r₁c yra 0.400 s⁻¹, todėl R₁=0.900 s⁻¹ ir T₁≈1.11111 s. Pradinis T₁ yra 2.00 s. Šios pasirinktos vertės nėra gadopiklenolio ar kitos tikros medžiagos matavimai.

Relaksyvumas priklauso nuo sąlygų ir molekulinės aplinkos. Šio modelio relaksacijos trukmės pokytis nėra vaizdo kokybės, dozės, diagnostinio tikslumo ar klinikinės naudos prognozė. Paprasta tiesinė išraiška taip pat turi apibrėžtą taikymo sritį ir negali būti neribotai ekstrapoliuojama.

05

Atgautas pasiskirstymas savaime neatitinka pradinio bendro kiekio

Metalo analizė gali išmatuoti bendrą kiekį, pasirinktas atskirtas chemines formas arba laikui bėgant kintantį mišinį. Atskyrimas ir mėginio paruošimas gali pakeisti chemines formas, o nevisiškas atgavimas gali iškreipti pateikiamas dalis. Nurodykite, koks vardiklis naudojamas ir ar nustatyta kiekvieno atgauto komponento tapatybė.

Išgalvotoje atgavimo apskaitoje iš pradinio bendro 100 nmol metalo kiekio gaunami trijų išmatuotų vieną metalo atomą turinčių cheminių formų kiekiai: 60, 25 ir 10 nmol. Bendras atgautas kiekis yra 95 nmol, o atgavimas 95%. Pradinio bendro kiekio atžvilgiu trys dalys yra 0.600, 0.250 ir 0.100; jų suma 0.950. Penki nmol lieka neapskaityti.

Atgauto metalo atžvilgiu dalys yra 60/95≈0.631579, 25/95≈0.263158 ir 10/95≈0.105263. Jų suma lygi vienetui, tačiau tai nepaaiškina trūkstamų 5 nmol. Jų cheminių formų pasiskirstymas lieka nežinomas. Nė vienas normalizavimas savaime neįrodo biologinio įsisavinimo ar klinikinės elgsenos.

06

Sandara, reakcija ir matavimas yra skirtingų rūšių įrodymai

Koordinacinė sandara apibūdina nurodytus prisijungimus ir geometriją. Subalansuota suminė reakcija apibūdina išliekančius atomus ir krūvius. Relaksacijos modelis prognozuoja pasirinktą stebimąjį dydį numatytomis sąlygomis. Atgavimo apskaita fiksuoja, ką analitinė procedūra apskaitė. Kiekviena priemonė naudinga, kai išlaikomos jos taikymo ribos.

Praktiniam taikymui reikia įrodymų, susiejančių šiuos cheminius aprašymus su tikrąja numatyta paskirtimi. Skyrius baigiamas ties šia riba: chemija gali paaiškinti, kodėl svarbi tapatybė ir aplinka, tačiau mokomoji schema ar išgalvotas skaičius negali pakeisti išmatuotų konkretaus preparato veikimo duomenų.

Išnagrinėti pavyzdžiai

Prieš lygindami išsidėstymą suskaičiuokite

Naudokite cis ir trans [Pt(NH₃)₂Cl₂].

  1. Abiejų pilnos formulės yra Cl₂H₆N₂Pt ir abi dalelės neutralios.
  2. Du Cl⁻ lemia Pt +2 ir formalų d⁸.
  3. Du N ir du Cl donorai sudaro keturis kontaktus.
  4. Idealūs Cl–Pt–Cl kampai skiriasi: 90° ir 180°.

Geometrija skiriasi net tada, kai formulė ir formalūs priskyrimai sutampa.

Sekite ligandų krūvį per dvi pakeitimo reakcijas

Naudokite dvi nurodytas simbolines sumines reakcijas, kuriose vanduo pakeičia chlorido ligandą.

  1. Viso komplekso krūviai kinta 0→+1→+2.
  2. Kiekviename suminiame žingsnyje išsiskiria vienas Cl⁻.
  3. Pt lieka +2; visi atomai ir bendras krūvis išlieka.

Ligandų mainai pakeičia užrašytos dalelės krūvį, nepakeisdami Pt oksidacijos laipsnio.

Paverskite pasirinktą spartą trukme

Naudokite išgalvotą pradinę vertę 0.500 s⁻¹, r₁=4.00 L mmol⁻¹ s⁻¹ ir c=0.100 mmol L⁻¹.

  1. r₁c=0.400 s⁻¹.
  2. R₁=0.900 s⁻¹.
  3. T₁=1/0.900≈1.11111 s, palyginti su pradine 2.00 s verte.

Riboto relaksacijos modelio rezultatas nurodytomis sąlygomis, o ne tikras preparato veikimas.

Atskirkite pradinio ir atgauto kiekio vardiklius

Naudokite pradinį bendrą 100 nmol kiekį ir atgautus 60, 25 bei 10 nmol kiekius.

  1. Bendras atgautas kiekis yra 95 nmol: 95% atgavimas.
  2. Pradinio bendro kiekio dalys yra 0.600, 0.250 ir 0.100.
  3. Atgauto bendro kiekio dalys yra apytiksliai 0.631579, 0.263158 ir 0.105263.
  4. Neapskaitytų 5 nmol cheminė forma lieka nenustatyta.

Pakartotinis atgautų komponentų normalizavimas neidentifikuoja trūkstamos dalies.

Pabandykite patys

  1. Naudokite tą patį išgalvotą pastovių sąlygų modelį, kai c=0.0500 mmol L⁻¹. Raskite R₁ ir T₁.

    Rodyti atsakymą ir paaiškinimą

    R₁=0.700 s⁻¹; T₁≈1.42857 s.

    Pridedama sparta yra 4.00×0.0500=0.200 s⁻¹; pridėkite pradinę 0.500 vertę ir apskaičiuokite atvirkštinį dydį.

  2. Iš pradinio bendro 80.0 nmol kiekio atgaunami du vieną metalo atomą turinčių cheminių formų kiekiai: 40.0 ir 32.0 nmol. Raskite atgavimą ir atgauto metalo dalis.

    Rodyti atsakymą ir paaiškinimą

    90.0% atgavimas; dalys 5/9 ir 4/9.

    Atgautas kiekis yra 72.0 nmol; 8.00 nmol lieka neapskaityti.

  3. Kodėl pirmasis simbolinis akvavimas pakeičia komplekso krūvį nuo 0 iki +1, nors Pt lieka +2?

    Rodyti atsakymą ir paaiškinimą

    Cl⁻ ligandą pakeičia neutralus vanduo.

    Išsiskyręs Cl⁻ subalansuoja krūvį; ligando krūvio pakeitimui nereikia metalo oksidacijos.

  4. Ar MRI relaksacijos pokytis yra tiesioginis metalo atomų vaizdas?

    Rodyti atsakymą ir paaiškinimą

    Ne.

    Išmatuotą vandenilio branduolio signalą veikia jo aplinka; konkrečios medžiagos relaksacijos poveikis ir metalo pasiskirstymas yra skirtingi teiginiai.

Ką verta įsidėmėti

  • Nurodykite visą kompleksą ir jo geometriją.
  • Ligandų mainai nebūtinai yra metalo redokso virsmas.
  • Atskirkite signalą nuo jį veikiančios medžiagos.
  • Atskirkite išgalvotus relaksacijos modelio įvesties duomenis nuo tikro veikimo.
  • Aiškiai pateikite atgavimą ir vardiklius.

Šaltiniai

Mokomoji medžiaga ir žinynai, kuriais remiasi pamokos paaiškinimai ir pavyzdžiai.

  1. Cisplatin injection: chemical description and mechanismTeva Parenteral Medicines institutional label; DailyMed/NLM hostŽinynasdailymed.nlm.nih.govSkaityti šaltinį
  2. Patricia M.Takahara; Christin A.Frederick; Stephen J.Lippard2 šaltiniai
    1. Crystal Structure of the Anticancer Drug Cisplatin Bound to Duplex DNAPatricia M.Takahara; Christin A.Frederick; Stephen J.LippardŽinynaspubs.acs.orgSkaityti šaltinį
    2. Correction to Crystal Structure of the Anticancer Drug Cisplatin Bound to Duplex DNAPatricia M.Takahara; Christin A.Frederick; Stephen J.LippardŽinynaspubs.acs.orgSkaityti šaltinį
  3. US Food and Drug Administration2 šaltiniai
    1. MRI: Magnetic Resonance ImagingUS Food and Drug AdministrationŽinynasfda.govSkaityti šaltinį
    2. Gadolinium contrast-agent retention communicationUS Food and Drug AdministrationŽinynasfda.govSkaityti šaltinį
  4. Elucirem product information §5.1EMA-authorized product-information institutional textŽinynas · PDFema.europa.euSkaityti šaltinį
  5. Chromatographic Methods for Quantification of Free and Chelated Gadolinium Species in MRI Contrast Agent FormulationsDanielle Cleveland; Stephen E.Long; Lane C.Sander; William C.Davis; Karen E.Murphy; Catherine A.Rimmer; Lorena Francini; Anil K.PatriŽinynasnist.govSkaityti šaltinį
  6. Trace Element Speciation in Food: A Combined Enzymolysis–SEC–ICPMS ApproachH.M.Crews; R.Massey; D.J.McWeeny; J.R.DeanŽinynas · PDFnvlpubs.nist.govSkaityti šaltinį